Especies
La flora nativa de la Región Metropolitana de Santiago sostiene 1.434 especies y subtaxa, de las 3.600 existentes en la zona chilena de clima mediterráneo semi árido. Del total de especies de vertebrados terrestres y dulceacuícolas del país, 336 se encuentran en las regiones de Valparaíso y Metropolitana de Santiago.
Flora nativa
En particular, la flora nativa de la Región Metropolitana de Santiago sostiene 1.434 especies y subtaxa, de las 3.600 existentes en la zona chilena de clima mediterráneo semi árido. Si no se consideran los subtaxa, el número se reduce a 1.355 especies. Así lo expresa: Arroyo, M.T.K., Marticorena, C., Matthei, O., Muñoz, M. & Pliscoff, P. 2002. Análisis de la contribución y eficiencia del Santuario de la Naturaleza Yerba Loca, 33ºS, en la protección de la flora vascular regional (regiones Metropolitana y Quinta de Chile). Revista Chilena de Historia Natural 75: 767-792.
Fauna nativa
Del total de especies de vertebrados terrestres y dulceacuícolas del país, 336 se encuentran en las regiones de Valparaíso y Metropolitana de Santiago. Entre éstas se cuentan el 57% de las aves de Chile, el 37% de los mamíferos, el 36% de los peces, el 28% de los reptiles y el 20% de los anfibios. Señalado por: Torres-Mura, J. C. 1994. Estado de conservación de la fauna terrestre de Chile. En "Perfil Ambiental de Chile". Comisión Nacional del Medio Ambiente. Santiago. Páginas 365-375.
Especies endémicas
La flora mediterránea se ha caracterizado por su alto endemismo local (Cowling et al. 1996), característica evidenciada en los altos niveles de endemismo en la flora regional: 627 especies son endémicas de Chile continental (43,7%), 422 especies son endémicas mediterráneas (29,4%), 132 especies son endémicas de las regiones Metropolitana de Santiago y de Valparaíso en conjunto (9,2%) y existen 91 especies exclusivas de la Región Metropolitana de Santiago, entre las cuales se encuentran Adesmia codonocalyx, Adesmia germainii, Austrocactus spiniflorus, Chaetanthera renifolia, Haplopappus schumannii, Lepidium reichei, Nassauvia looseri, Poa acinaciphylla, Polygonum bowenkampii, Valeriana radicalis y Viola germainii (Arroyo et al. 2002 ya citado).
Especies amenazadas
Desde el punto de vista de su estado de conservación, variadas especies de flora nativa, con problemas en el país, se encuentran en la Región Metropolitana de Santiago, entre las cuales se cuentan 15 especies de leñosas, 11 de líquenes, 27 especies de pteridophytas, 11 especies de bulbosas, cinco de cactáceas.
En general, puede decirse que la gran concentración de población respecto de otras regiones del país, hace que la fauna se encuentre bajo fuerte presión. La conservación de fauna se vio también amenazada por las exportaciones que afectaron a invertebrados y vertebrados tetrápodos, que eran comercializados como mascotas hacia mercados de Norteamérica y Europa hasta 1992 (Torres-Mura, 1994, ya citado). Como consecuencia de esto, gran parte de la fauna que vive en la Región corresponde a especies que presentan problemas de conservación, ya sea en Chile, en la zona central o en la Región propiamente tal. Desde la entrada en vigencia del nuevo reglamento de la Ley de Caza en marzo de 1993, la captura de todos los vertebrados está regulada y sólo se permite la exportación de especies provenientes de criaderos legalmente establecidos y controlados por el Servicio Agrícola y Ganadero. En la región existirían amenazadas: seis especies de anfibios, 10 reptiles, 23 aves, 18 mamíferos, 12 aves y cinco crustáceos.
En relación con la fauna presente en los cursos de agua, muchas de las especies de peces descritas para el sistema hidrográfico del río Maipo (Duarte et al. 1971) habrían desaparecido, de acuerdo a: Duarte, W. 1971. Ictiofauna del Sistema Hidrográfico del Río Mapocho. Boletín Museo Nacional de Historia Natural (Chile) 32: 227-268. Según Conejeros, E., González, S. & Sepúlveda, P. V. 2002. Alcances sobre el uso sustentable de la ictiofauna de sistemas fluviales. Teoría 11: 15-20, las especies de peces apetecidas por los pescadores deportivos son exóticas y depredan y compiten con las especies nativas.
Por otra parte, además de los peces y crustáceos que han sido categorizados según su estado de conservación, otros invertebrados (no categorizados), que sólo estarían presentes en aguas con baja intervención antrópica, podrían presentar problemas debido a su alta sensibilidad a la contaminación, sí es que sus hábitat son intervenidos. Un estudio (Centro de Ecología Aplicada (CEA) 2004. Metodología para la determinación de la calidad hídrica mediante comunidades zoobentónicas Río Maipo (Proyecto NOR 01-04-1. Informe Final) sobre las comunidades zoobentónicas del río Maipo (donde se muestrearon 23 estaciones entre el sector Las Melosas, en la cabecera del río, y la desembocadura) identificó un total de 36 taxa en el área de estudio. Los Phylum con mayor cantidad de taxa fueron los siguientes: Mollusca (5), Annelida (4), Crustácea (2) y los órdenes del Phylum Insecta. El valor promedio de la riqueza taxonómica fue de 8 taxa, con un valor máximo de 13. En general, las mayores riquezas se reconocieron en el sector alto del Río Maipo, mientras que los valores más bajos se encuentran en sectores del río aguas abajo de efluentes del tipo industrial o aguas servidas.
En relación con la calidad de las aguas, la presencia de especies como el gastrópodo Chilina sp. o de larvas de insectos del grupo Plecoptera o Trichoptera, sensibles a contaminación (Hilsenhoff, W. 1988. Rapidfield assessment of organic pollution with a familylevel biotic index. J. N. Am. Benthol. Soc. 7 [1] 65-68), indicaría la buena calidad de las aguas de un lugar, como es el caso de la quebrada de San Ramón, lugar donde se han encontrado larvas de insectos del orden Trichoptera (Marambio, C. 2001. Formulación de indicadores hidrobiológicos de contaminación en cursos fluviales chilenos. Memoria para optar al título de Ingeniero Forestal, Universidad de Chile).
Especies exóticas
Además de las especies propias de la agricultura y silvicultura de la Región Metropolitana y de su medio urbano, en sus hábitats silvestres abundan las especies exóticas especialmente entre la flora herbácea, diseminadas por ganado y posiblemente por otras especies exóticas como el Oryctolagus cuniculus (Dellafiore, C.M, Gallego Fernández, J.B. y Muñóz Vallés, S.. 2007. The contribution of endozoochory to the colonization and vegetation composition of recently formed sand coastal dunes. Research Letters in Ecology 3Pp.).
Entre las especies exóticas invasoras presentes en los hábitats silvestres de la Región Metropolitana pudieran nombrarse, a modo de ejemplo: Cyprinus carpio (carpa) en lagunas; Oryctolagus cuniculus (conejo; ver a Pablo Camus , Sergio Castro, Fabián Jaksic. 2008. El conejo europeo en Chile: historia de una invasión biológica. HISTORIA Vol. 41, N° 2, julio-diciembre 2008: 305-339), Rattus rattus (rata), Lepus capensis (liebre), Xenopus laevis (sapo africano), Canis familiaris (perro), Felis silvestris catus (gato), Passer domesticus (gorrión). "El mirlo (Molothrus bonariensis), especie introducida desde Argentina, tiene un efecto negativo sobre aves nativas como diucas (Diuca diuca), chincoles (Zonotrichia capensis), tencas (Mimus thenca) y loicas (Sturnella loyca), a las que parasita los nidos!" (Juan Carlos Torres-Mura, 2008, Conservación de la Biodiversidad; en Biodiversidad de Chile Patrimonio y Desafíos. CONAMA, páginas 412-427).